De in Schiedam geboren Huydts begon met bassist Arend Nijenhuis en drummer Hans Dolman in 1957 een eigen jazztrio. In de jaren zestig begeleidde het Trio Jan Huydts in de Berlijnse jazzclub Blue Note Amerikaanse grootheden als Dexter Gordon, Johnny Griffin en Donald Byrd.

Vanaf de jaren 70 toerde Huydts internationaal met zijn band Third Eye. Van 1980 tot zijn pensioen was hij gastdocent en later adjunct-directeur van het Hilversums Conservatorium.